Da Batgirl, Wonder Woman, Supergirl, Green Lantern, Bumblebee und Zatanna wegen ihrer Heldentaten immer wieder zu spät zur Schule kommen, droht Direktor Chapin schließlich damit, die Mädels von der Schule zu werfen! Um das abzuwenden soll jedes der Super Hero Girls eine eigene Schul-AG besuchen - und mindestens eine Woche dabeibleiben! Leichter gesagt als getan: Unsere Heldinnen müssen erst lernen, ihre Komfortzonen zu verlassen und sich neuen Herausforderungen zu stellen. Als wäre es nicht schon schwierig genug, eine Geheimidentität zu bewahren und die Schule mit dem Leben einer Superheldin zu balancieren!