Un an après l'affaire Artemis Fowl, le capitaine Holly Short se retrouve affectée au service des Douanes et des Taxes. Elle met au jour un trafic de niveau A impliquant la communication de gobelins avec des êtres humains. Pour elle, pas de doute, c'est Artemis Fowl qui en est l'instigateur ! L'affaire est grave et demande une réaction immédiate de la part des FARfadet. Le commandant Julius Root ordonne à Holly Short de se rendre en surface et de ramener Artemis Fowl et son garde du corps pour un interrogatoire au centre de police du monde souterrain. Mais Artemis ne fait-il pas trop figure de coupable évident ? Qui a donc intérêt à brouiller les cartes et dans quel but ?