La classe de Mlle Bille-en-Tête part en mer observer les baleines avec le capitaine Gilles dans le Bus magique transformé en navire. Afin d'admirer les fonds marins, les enfants embarquent dans des mini-sous-marins reliés par radio avec le navire. Le spectacle est magnifique ! Soudain, le contact est coupé. Les voilà seuls à vingt mille lieues sous les mers...