Als sich die vier Mutantenbrüder plötzlich einer übermächtigen Bedrohung gegenübergestellt sehen, halten sie es für das Beste, sich in zwei Teams aufzuteilen. Werden die Turtles so erfolgreicher sein als zuvor oder ist das die Chance, auf die Baxter Stockman gewartet hat, um seine Feinde endgültig zu zerschlagen?